История духовного образования на территории современного Казахстанского митрополичьего округа начинается во второй половине XIX века. Огромные территории новообразованной Туркестанской епархии заставляли епархиальных архиереев постоянно задумываться об учреждении в столь широком и многонациональном крае собственной семинарии отвечающей всем насущным требованиям.
В 1897 году епископ Туркестанский и Ташкентский Никон (Богоявленский) направил в Святейший Правительствующий Синод ходатайство об открытии в епархии духовной семинарии с особой программой, включающей изучение языков населяющих край народов. Но отсутствие денежных средств и преподавательского состава сделало невозможным осуществить задуманное.
Выдающийся иерарх Русской Церкви епископ Димитрием (Абашидзе), возглавлявший епархию в 1906-1912 годы, также активно занимался вопросом об открытии духовной школы. Создание семинарии он рассматривал одним из важнейших вопросов деятельности епархии. Епархии нужны были люди хорошо знакомые с местными обычаями и традициями, и хорошо знающие местные языки. Таких пастырей могла подготовить только местная духовная школа. Такие священнослужители дали бы положительный эффект в деле развития церковной жизни и укрепления Православия в Туркестане.
5 августа 1910 года Синод изучил доклады, отправленные ему духовенством Туркестана, по поводу открытия семинарии и признал это «весьма желательным».
«В названной семинарии в числе обязательных предметов должны изучаться узбекский и киргизский языки, а также география и история Туркестана и этнографии населяющих его племен, история магометанства, и в числе обязательных предметов – арабский язык».
В 1912 году епископ Димитрий был переведен на Симферопольскую кафедру, а разразившиеся катастрофические события XX столетия надолго отложили вопрос об открытии духовной школы в городе Верном.
Таким образом, идея создание духовной школы в Туркестанском крае осталась нереализованной.
Новейший период истории православного богословского образования в Казахстане начался в 1991 году, когда на политической карте появилось молодое суверенное государство – Республика Казахстан. У истоков становления православного духовного образования в Республике стоял архиепископ Алматинский и Семипалатинский Алексий (Кутепов). В ответ на ходатайство управляющего Алматинской епархией решением Священного Синода от 29 января 1991 года в Алматы было открыто епархиальное духовное училище. Архиепископ Алексий стремился укоренить в создаваемом им учебном заведении благочестивые традиции Московских духовных школ.
Новообразованное духовное училище призвано стать кузницей кадров для всего церковного Казахстана. Первоначально классы и студенческое общежитие располагались при Свято-Никольском кафедральном соборе, обучение предполагало двухгодичный период. С момента открытия и до 1998 года ректором училища являлся кандидат богословия, настоятель Свято-Никольского собора протоиерей Валерий Захаров.
Важным событием в жизни молодой духовной школы стала передача епархии в 1996 году городскими властями здания, расположенного в микрорайоне Дорожник, куда и переехало учебное заведение. В августе того же года домовой храм училища был освящен во имя святителя Филарета, митрополита Московского и Коломенского. Богомудрый святитель XIX века с этого момента стал небесным покровителем духовной школы в Алматы.
Духовная школа постепенно развивалась – появлялись новые преподаватели, росло число изучаемых дисциплин, увеличивалось количество студентов. 17 июля 2001 года определением Священного Синода срок обучения в Алматинском епархиальном училище был увеличен до четырех лет.
С 2010 года определением Священного Синода Русской Православной Церкви Главой Митрополичьего округа в Казахстане является митрополит Астанайский и Казахстанский Александр. Этот год стал знаковым и для православного образования на Казахстанской Земле – 26 июля Алматинское епархиальное училище было преобразовано в Алматинскую православную духовную семинарию. Митрополичий округ Русской Православной Церкви в Республики Казахстан обрел свое высшее богословское учебное заведение.
Первым ректором новообразованной семинарии стал выпускник Санкт-Петербургской духовной академии, кандидат богословия, епископ Каскеленский Геннадий, викарий Астанайской епархии.
В сентябре 2010 года состоялись первые вступительные экзамены. На первый курс очного и заочного отделений было принято 38 студентов из всех епархий Казахстана.
Сегодня Алматинская семинария – сложившееся высшее духовное учебное заведение, готовящее клириков, регентов и псаломщиков для казахстанских приходов. Срок обучения в семинарии на пастырском отделении составляет 5 лет (подготовительный курс + 4 года основной курс),
на регентском отделении – 2 года. В течении всего периода обучения студенты осваивают основной корпус богословских наук, включающий вероучительные дисциплины, богословие, библеистику, церковную историю, древние и новые языки. В семинарии созданы библейско-богословская, церковно-историческая и церковно-практическая кафедры.
Выпускники семинарии пишут и защищают дипломные работы и получают квалификацию специалиста в области православного богословия. Успешно окончившие семинарию поступают в магистратуру духовных академий Русской Православной Церкви.
В настоящее время в епархии проводится большая подготовительная работа по осуществлению значимого для духовной школы проекта – строительства нового корпуса.
1 сентября 2016 года министр образования и науки Казахстана Е.К. Сагадиев в ходе встречи с митрополитом Астанайским и Казахстанским Александром и ректором семинарии епископом Каскеленским Геннадием вручил Алматинской православной духовной семинарии Лицензию на право осуществления образовательной деятельности в соответствии с законодательством Республики Казахстан.
Получение лицензии – это первый и значимый шаг в деле синхронизации православного богословского образования с высшей школой Казахстана. Теперь православное учебное заведение Алматы является частью образовательной системы Республики Казахстан.